Восточно-Казахстанский государственный университет имени С. Аманжолова (ВКГУ) ориентирован на достижение Университетом высокого уровня развития за счет реализации целей и задач, поставленных Президентом Республики Казахстан в рамках развития высшего образования.

Миссия Университета обеспечение ведущей роли в международном научно- образовательном пространстве по формированию конкурентоспособных специалистов для инновационного развития Казахстана. Реализация этой миссии заключается в подготовке компетентных, социально ответственных и конкурентоспособных специалистов, владеющих современными технологиями, навыками научно-педагогической и исследовательской деятельности, соответствующей мировым требованиям рынка труда. Кроме того, реализация миссии предусматривает формирование единого культурного, образовательного, интеллектуального и инновационного пространства Университета, обеспечение качества непрерывного образования в соответствии с мировыми тенденциями и принципами Болонского процесса, активное международное сотрудничество и обеспечение академической мобильности студентов и сотрудников Университета. Видение: Университет в инновационном развитии Казахстана позиционирует себя как научно-исследовательский и образовательный центр, входящий в рейтинг лучших вузов страны и мира.

В настоящее время в структуре университета 4 факультета :

В университете осуществляется подготовка специалистов по 59 специальностям бакалавриата по очной, вечерней и заочной формам обучения, 39 специальностям магистратуры, 12 специальностям PhD-докторантуры  по направлениям: "Образование", "Естественные науки", "Бизнес", "Технические науки", "Услуги", "Право"

Научная деятельность осуществляется научно-исследовательскими лабораториями и центрами ВКГУ: Национальной научной лабораторией коллективного пользования (Лаборатория биологии и биотехнологии растений, Учебно-научно-производственная площадка, Испытательная лаборатория физико-химических исследований), Научно- исследовательским центром «Алтайтану», Институтом дополнительного профессионального образования (Центр «Рухани жаңғыру», Научно-образовательный центр «Назарбаевтану», Научно-образовательный центр «Зияткер», Центр экономических исследований «G-Global»), Центром развития научных исследований студентов и молодых ученых, лабораторией фитохимии. Национальная научная лаборатория коллективного пользования является единственной в Восточном регионе.

Международное сотрудничество университета направлено на интеграцию в мировое образовательное сообщество, участие в работе авторитетных межгосударственных объединений, взаимодействие с ведущими вузами ближнего и дальнего зарубежья. Университет является членом семи международных Ассоциаций вузов: Евразийской Ассоциации университетов (1995 г.); Международной Академии Высшей школы (1998 г.); Великой Хартии университетов (2009 г.); Международного координационного совета «Наш общий дом – Алтай» (2011 г.); Ассоциации Азиатских Университетов (2013 г.), Европейской Ассоциации университетов (2016 г.), Региональной сети «Образование и подготовка специалистовв области ядерных технологий (STARNET)»(2016 г.). С 2014 года ВКГУ возглавил Совет ректоров вузов Большого Алтая. Расширение сотрудничества с зарубежными вузами – одно из приоритетных направлений развития ВКГУ. Ежегодно расширяются границы взаимодействия с вузами- партнерами, заключаются новые договоры. В настоящее время вуз реализует международную деятельность с вузами Соединенных Штатов Америки, Великобритании, Польши, Германии, Чехии, Россией, Турции, Кыргызстана, Монголии, Франции, Китая, Южной Кореи, Португалии. Университет имеет соглашения по программе двудипломного образования с университетами Южной Кореи (Джионгсангский Национальный университет, г. Ченгджу) и Российской Федерации (Алтайский государственный технический университет имени И.Ползунова, Алтайский государственный университет, Новосибирский государственный педагогический университет). В рамках международного обмена и программ международных организаций (DAAD, Erasmus+, ITEC, UGRAD, Goethe-Institut, Mevlana) обучающиеся и ППС вуза обучались и проходили стажировки за рубежом. На данный момент реализуются образовательные и научно-исследовательские проекты в рамках международных программ UNISEF, Erasmus+, Tempus и British Council.